Pour calculer le coût de vos trajets à travers le Japon, un site très pratique existe: hyperdia
Les Pass en tout genre sur le site JR (souvenez vous que le pass JR ne s'achète pas au Japon).
En ce qui concerne les trajets Tokyo intra muros, sachant qu'une carte vous est payée par l'ELT pour vos trajets maison-école, il existe la carte suica (si vous voyagez sur les lignes JR) ou la pasmo (si vous prenez le métro de Tokyo), tout dépends quel trajet vous comptez effectuer régulièrement.
Pour les séjours de septembre
Le JR east pass est disponible! 10 000¥ pour un adulte, 5 000¥ pour un enfant, valable du 1er septembre au 30 novembre.
Il s'utilise pendant 3 jours de votre choix, pour les trains de la zone Shinshu (Nagano).
Plus d'infos ici