J'ai vérifié sur les "fiches pays" du ministères des affaires étrangères.
Ils confirment bien qu'aucun vaccin n'est recommandé pour partir au Japon: http://www.diplomatie.gouv.fr/fr/conseils-aux-voyageurs/conseils-par-pays/japon-12268/
Par contre, il faut une bonne assurance voyage couvrant tous vos frais médicaux sur place en cas de problème de santé (frais très élevés).